El tratamiento de esos checkbox que has de seleccionar puedes verlo en esta FAQ.
http://www.forosdelweb.com/f18/faqs-php-530600-post518710/
Con esos grupos de valores que selecciones, puedes almacenarlos "serializados" en un campo de tu BD o bien normalizarlo mejor usando tablas auxiliares relacionadas con tu tabla padre en relación 1->N.
Un saludo,