Cual de estas dos formas de programar en php?

[Blashete]

Buenas, hoy estando en clase salio el tema de métodos de programar y se bajararon 2. Bien, estos son, hacerlo por includes o con plantillas.

Por si no me entedeis, a plantilas me refiero, a poner etiquetas en el diseño html y por otro lado el codigo php limpio , el cual por medio de unas funciones y tal (que ahora no me apetece explicar, tb por que no soy el mas indicado) donde estan las etiquetas se coloca el resultado del código que se desea.

Luego está el de los includes, que es el que seguro todos conoceis.

Pues no se cual de estas dos formas es mejor, supongo que tendran sus pros y sus contras cada una, pero me pica la curiosidad de ver lo que pensais.

Un saludo