Dicha configuración no es de "phpMyadmin" .. sino de tu configuración de PHP (php.ini) ..
phpMyadmin como aplicación "web" que es .. el "upload" del archivo lo hace por HTTP .. he de ahí que tengas esa restricción con respecto a es ".sql" que quieres ejecutar llamandolo desde tu archivo ..
En tu php.ini .. revisa el valor de:
upload_max_filesize
Esta no es la única restricción sobre el tema .. revisa la documentación oficial al respecto:
http://www.php.net/manual/en/features.file-upload.php
Otra cosa que puedes hacer .. es usar otro GUI (Graphical User interface) para Mysql .. al igual que phpMyadmin es uno .. no es el único, puedes usar algunos escritos para windows como por ejemplo: Navicat, EMS Mysql Manager, SQLyog, Mysql Front .. y muchoooooos más que existen. Ese tipo de "GUI" suelen ser más rápidos en ejecución que phpMyadmin (que una aplicación en PHP) .. no tienen ese limite de restricción de archivos .. pues trabajan directamente con Mysql sin pasar por "PHP" o por tu servidor HTTP usado.
Un saludo,