Yo tambien tengo el IE y por ejemplo esta web
http://www.favicon.net/, que tiene un favicon (y supuestamente bien aplicado) tampoco lo veo. Con FireFox y Opera sí se ve. Abajo IE
como siempre creando sus propios "estandares". Tal vez exista algun codigo especifico por ahi que haga que veas el Fav en el IE, yo todavia no lo encontré.
Saludos y espero que lo soluciones.