Ese "própio código" de Mysql que hacen mención es: SQL (Lenguaje Estructurado de Consultas) .. como bien comentan . .PHP tan sólo hace de "intermediario" con tu BD para lanzar ejecuciones de SQL y obtener sus resultados .. El resto depende directamente de SQL que emplees y de como "diseñes (modeles) tus Base de datos.
Puedes ver sobre el tema de "Base de datos" Orientado a Mysql en:
www.mysql-hispano.com
Un saludo,