Revisa esta FAQ:
http://www.forosdelweb.com/f18/faqs-php-530600-post265278/
Trata sobre el concepto de "web modular" que es lo que requieres .. Cuando eso lo tengas claro, puedes leer este tutorial:
http://www.zonaphp.com/articulo34.php
Según el método que uses .. la ruta la puedes incluir en tu link que define la "sección" .. o como es el ejemplo de la FAQ que te menciono .. ahí sólo se pasan referencias (numericas) que bajo el "swich" que ahí se trabaja ya hace el "include()" al la ruta completa del script que se requiera.
Un saludo,