Miré tu código así nomás y a simple vista me parece que tienes un error cuando das la condición de borrado (o sea, dices que tal registro se borre, cuando ese registro tenga el campo ID_Prueba igual a tu variable $id).
La condición debería ser: ID_Prueba='$id'---> Finalmente el código quedaría:
Código PHP:
<?php
include("ConexBD.phtml");
$link=Conectarse();
$id=$_GET['id'];
mysql_query("delete from cliente where ID_Prueba = '$id'",$link);
header("Location: index.php");
?>
Fijate, tambien si el archivo index.php pasa correctamente la variable GET. Por ahí puede ser eso tambien...., prueba con esto.., sino ya sabes!, byeee
