Las cookies las puedes gestionar con PHP .. también sesiones si quieres y hasta tener un "perfil" de preferencias para ese usuario .. Pero al final .. el efecto "visual" de tus colores de algunos elementos de tu página lo harás en CSS o HTML.
A lo sumo con PHP puedes tener variables o "lógica" para decidir que CSS cargar .. o que valor tomará cierto tag ..
Un ejemplo .. un CSS "dinámico" generado con PHP:
Código PHP:
<style type="text/css">
<!--
/* vBulletin 3 CSS For Style 'Foros del Web vBulletin 3 Style' (styleid: 1) */
body
{
background-color: $color;
color: #000000;
font: 10pt verdana, geneva, lucida, 'lucida grande', arial, helvetica, sans-serif;
margin: 5px 5px 5px 5px;
}
si te fijas . .aparece un $color .. le das valor con PHP .. por ejemplo desde una cookie que tenga dicho valor para que el usuario lo cambie o lo obtenga desde su perfil de preferencias:
$color=$_COOKIE['color'];
Le das valor a esa variable de cookie cuando tu usuario haga login en tu sistema (si es que tienes un sistema de usuarios) .. o bien cuando quiera cabiar alguna propiedad.
Pero .. todo esto con CSS sólo y cookies gestionadas en Javascript se podría hacer .. todo depende de si requieres de algo más (como por ejemplo ese "perfil" del usuario donde quede en una Base de datos por ejemplo esos valores pre-definidos de tu usuario concreto).
Un saludo,