Has logrado que me quepan dudas razonables sobre este formato. Por lo que yo sé, el APE es un formato LOSSLESS, osea, sin pérdida. Es más, creo que sólo el APE y el FLAC tienen esta característica.
Creo que las distintas opciones que dices, lo que hacen es usar más o menos CPU y tiempo para lograr comprimir más. Debe ser como cuando haces un ZIP y le dices el grado de compresión.
Obviamente he partido del supuesto de que no hay pérdidas al cambiar de formato entre WAV y APE. Con otros formatos (con pérdida, como el mp3, mpc, ogg, wmv, etc) esto no se me hubiera ni pasado por la cabeza, como tampoco se me pasa por la cabeza tratar jpgs
