... de principio te diré que es raro eso de meterlos en un textarea... Busca en el foro sobre como subir varios archivos a la vez.. ya se ha tratado.
respondiendo concretamente a tu pregunta.. cada salto de linea puedes localizarlo con '\n' ... con explode() puedes separar en cadenas cada que haya un salto de línea... Espero te sirva
