Para seleccionar "donde" guardar .. es decir, tomar esa ruta (del servidor) que te hace falta para tu actual rutina que ya "guarda" el archivo .. debes presentar esos directorios y moverte por ellos ...
Todo eso lo puedes hacer con:
dir()
www.php.net/dir
Y funciones afines para trabajo con directorios ... Tienes funciones ahí mismo (en los comentarios de los usuarios de esas funciones) para leer directorios con subdirectorios de forma recursiva y así obtener la estructura de directorios desde donde indiques.
Un saludo,