Tienes que escapar los caracteres especiales de php, cambia esto y prueba:
Código PHP:
$cod = "<?";
$cod .= "$us=".$usuario.";";
$cod .= "?>";
$cod=htmlspecialchars($cod);//o htmlentites, la q mas rabia te de...
$arx = file("template-blog.php");
$lineas = count($arx);
for($i=0; $i < $lineas; $i++){
$cod .= $arx[$i];
}
$garx = fopen($usuario."/index2.php","w");
fwrite($garx,$cod);
fclose($garx);