y si restringes los permisos?:
alguna vez vi por el foro que desde php se pueden restringir los permisos CHMOD de los archivos de tu server. Pones los archivos con un permiso restringido por ejemplo 600 y cuando el usuario se registre los cambias a 644. La funcion que cambia los permisos es chmod; mira aqui:
http://mx.php.net/manual/es/function.chmod.php