Respondiendo en orden:
1. Quizás la contraseña a que te refieres es cuando ingresas a un sitio hecho en PHP. Cuando ingresas tu contraseña (y tu pass), el motor de PHP se enlaza con las bases de datos o con lo que sea para ver si existes. Ahora si estás o no autorizado, PHP te retorna un código en HTML, el cual es un "template" en caso de algo. Por ejemplo, si haces login exitoso, tienes una página que fue diseñado con PHP y sólo muestra las impresiones que se haga en el script de PHP
Si digo
$a = 3;
No sale ni el valor de $a ni 3, ahora si antecedo con echo o print, ahí sale el 3.
2. MySQL se convertiría el motor de tu sitio, ya que él manejaría todo lo "dinámico" que requiera el sitio. Al crear tu base de datos, puedes manejar usuarios, sistema de noticias y miles de cosas más.
3. Busca manuales o consulta por ahí o por allá.
Recomendación como usuario y programador: Juega con PHP y verás que es fácil...
Sayonara
