polaya ..
Lee las FAQ's de FPDF .. tienes un montón de comentarios sobre el tema para que revises!!!
http://www.fpdf.org/es/FAQ.php
Revisa la n°3; con respecto a esos comentarios que ahí veras te puedo decir que uso FPDF con IE 6 y 5.5 sin problemas .. no uso nada más extra (de lo que ahí dice o menciona) .. pero no está de más que hagas tus pruebas con eso que ahí indica.
Un saludo,