Aclarate en que momento deseas hacer esa validación .. por qué puede ser en tu script PHP (del lado del servidor) y también en javascript (del lado del cliente).
La principal diferencia será que si lo hace en PHP .. tendrás que hacer que tu usuario envie el formulario para que actue tu validación en PHP .. si lo haces en javascript se hace en el "navegador" del usuario .. no se envia nada al servidor.
Fuera de eso tienes otros temas sobre seguridad .. Las validaciones en PHP son por seguridad en última instancia (las que realmente mandan) .. Las validaciones en javascript son más bien a nivel de dar "usabilidad" a tus aplicaciones.
Un saludo,