chmod("/misitio/micarpeta/miarchivo",0755');
Esto cambia los permisos en un archivo, no se si funcionaría con un directorio. Para eso puedes hacer rmdir("/misitio/micarpeta/minuevacarpeta",0777); Esto te crearía un nuevo directorio con los permisos de escritura lectura. Pero en realidad PHP sube los archivos a un directorio temporal, q si no está especificado en php.ini, mayormente es el ráiz del server. Fijate si no suben sin la necesidad de tener q modificar el upload_tmp_dir.
Además puedes usar lo siguiente (sacado del manual de PHP), para ver todas las configuraciones de PHP. Te sobreaviso q lo q veas en el navegador va a parecer un quilombo, pero busca "upload_tmp_dir" y podrás ver si el path esta configurado o no.
Código PHP:
<?php
$inis = ini_get_all();
print_r($inis);
?>
Saludos cuidate.