Pues .. si, se puede hacer en PHP .. de hecho si usas el buscador del foro por "marca de agua" o en ingles por "watermark" (en google salen muchos ejemplos si buscas por los términos: watermark gd php) veras ejemplos que se basan en el uso de las librerías GD (
www.php.net/gd) que debes tener instaladas en tus servidores antes de usar esos ejemplos.
Por ejemplo .. aquí tienes un tutorial al respecto:
http://www.phpgeek.com/articles.php?content_id=6
Un saludo,