por ejemplo un enlace es...
<a href ="pagina.php?id=1>Haz Click</a>
ahora en tu script puedes recibir la variable $_GET[id], e incrementarla en uno, de tal manera que cada vez que se hace click se incrementa o sea cuantas los "click", ahora esto lo puedes guardar en bases de datos, archivos, o variables de sesion, en fin....
Bueno es solo una idea..
Chaop!