con el virtualdubmad
vas a streams/stream list y haces doble clic en una de las pistas,
video/direct stream copy
file/ save as y guardas con otro nombre o en otra carpeta para no sobrescribir
cuando lleve un rato convirtiendo, lo paras y compruebas el audio, que es el bueno? haces lo mismo y lo dejas acabar
que es el que no quieres?
pues marcas el otro audio
