Sofy,
PEAR es un repositorio de clases que hacen de todo un poco. La verdad que uso bastante PEAR porque tiene clases muy interesantes y útiles, como mencionaste por ejemplo, para el manejo de bases de datos.
Para usar una clase de PEAR, simplemente la requieres. Por ejemplo, si vas a usar DB haces:
Código PHP:
require_once "DB.php";
como harías para cualquier archivo. Si la clase está instalada la vas a poder utilizar. Sino tendrás un bonito mensaje de error. DB de PEAR te srive para lo que dices, puede manejar una larga lista de gestores de datos, así que te sirve para hacer aplicaciones portables en este sentido.
No tiene gracia que me ponga a postear más código, mejor ve la documentación de la clase que está bien clara y si tienes dudas en particular las preguntas, está aquí:
http://pear.php.net/manual/en/package.database.db.php
Saludos!