Pero .. tu Base de datos Mysql .. ¿usastes claves foráneas? .. que versión de Mysql usastes? .. te lo recuerdo por qué sólo Mysql 4.1 (en fase alpha o beta todavía) dispone de posibilidad de definir claves foráneas dentro de la estructura y definición de tus tablas de tus Base de datos ..
Otro Software (GUI) que puedes usar es:
Mysql Front
www.mysqlfront.de
Permite conectarte a una BD por ODCB (Access, MS SQL Server .. etc) y a una BD Mysql para hacer replicados .. etc.
Un saludo,