Puedes al menos intentarlo.
Hazte con virtualdubmod:
http://prdownloads.sourceforge.net/v...e.zip?download
Ahora abres el archivo del que quieres sacar el audio, si al abrirlo te sale un aviso de VBR, dile que no. Te vas al menú Streams -> Stream list, seleccionas el auido, das a demux y lo guardas.
Ahora abres el otro, haces lo mismo si te sale lo de VBR. Vas a Streams -> Stream list, haces doble click en el audio para eliminarlo, pinchas en ADD y añades el que habías extraido. Ahora vas al menú video y marcas Direct Stream copy. Finalmente vas a File -> Save as... y lo guardas, pero ponle otro nombre para no sobreescribir nada.
Si ha habido suerte, ya está. Y si se ha desincronizado, dimelo y describeme el tipo de desincronización que tiene (siempe la misma, si sale antes el video o el audio, si va variando o aumentando con el tiempo...)
Suerte