Actualmente como ofreces tu descarga al navegador? ..
? Generas una página autentificada donde tienes un link tipo:
www.nose.tal/archivos/nose.zip
Si es así .. lo que debes hacer es crear un script "lanzador" para entregar el archivo.
Debes usar en ese caso las cabeceras HTTP enviadas desde PHP por header() y readfile para leer tu archivo desde su ruta/nombre original al buffer de salida de PHP ..
Ejemplos tienes en:
www.php.net/header www.php.net/readfile
A todo esto es altamente recomendable que tus archivos quedasen fuera del alcance de "DocumentRoot" (para que no sean accedidos por una llamada directa tipo:
http://www.tal.tal/archivos/nose.zip .. sólo "leidos" por PHP con readfile() por ruta absoluta al archivo ..)
Un saludo,