podes hacerlo con js y unos divs...
Despues del body pone:
<div id="mascara" style="width:100%;height:85%;position:absolute;top :90;left:0;background-color:#F5F7F7;z-index:3;filter:alpha(opacity:90);display:none"></div>
<div id="ventanita" style="display:none;position:absolute;top:220;left :350;z-index:4">
<table height=50 width=50% bgcolor=F5F7F7><tr><td>
<b class=titulo>Cartel de espera...podes poner una imagen tambien...</b>
</td></tr></table>
</div>
Y en el onclick de el objeto que dispare la acción (sea un boton, imagen, o link) pones una llamada a la siguiente funcion que pondrasn entre los head:
function mascara(){
document.getElementById("mascara").style.display=" block";
document.getElementById("ventanita").style.display ="block";
}
Dale la opacidad que quieras, y el color que quieeras, esa mascara lo que hara sera desactivarte toda la pagina, por lo cual no se podra hacer clic nuevamente hasta que la pagina que se llamo responda.