bueno pues la verdad no se si lo que hice es lo mas recomendado pero a mi me soluciono mi problema:
lo que hice fue que valide al leer la cadena del archivo y si no traia nada el contador no lo incrementaba algo asi:
Código PHP:
while(!feof($Nom_arch)){
$cadena ="";
$cadena = fgets($Nom_arch,4096);
$cadena = trim($cadena);
if ($cadena != ""){
$cont++;
}
}