Sé que tal vez es un requerimiento que el documento quede en MS Word .. pero te recomendaría ver la opción de que sea PDF .. de hecho con PHP comodamente y con la ventaja de no depender de que tipo de Sistema Operativo usas en tu servidor .. puedes generar PDF sin problemas con classes como: FPDF (
www.fpdf.org) y similares (mira sus ejemplos).
Pero .. antes de llegar a "como se verá" o formato se le dará .. Debes conocer (no sé si ya lo tienes claro) que los datos: tus preguntas de tus examenes ... los has de gestionar desde algún médio tipo base de datos o similar .. -sin- ningún formato ..sólo DATOS .. el formato ya se lo darás según tengas que generar HTML para tu página web o un PDF o similar para otros formatos.
El tema de hacer el examen en sí .. perfectamente podrían hacerlo "en línea" quedando almacenados tus resultados directamente en tus Base de datos sin necesidad de que te "suban" un archivo que luego algún profesor tendría que "bajarse" por otro lado y verlo .. (bueno .. ahí no sé como funciona realmente tu procedimiento). Dependiendo del tipo de examen .. si fuese tipo Test .. podrías automatizar todo el proceso de evaluación del examen ..
Eso sería en líneas generales lo primero a tener en cuenta .. ahora te faltaría definir mejor tu proyecto y sobre todo concretar -donde- exactamente tienes problemas. Sino .. por el momento te recomiendo que leas las FAQ's de este foro .. tienes várias sobre "upload" de archivos .. y en el foro en sí hay comentarios sobre como "bajar" archivos entregados por PHP .. también sobre sistemas de Autentificación que te hará falta .. y demás.
Pero como todo no es "PHP" en tu proyecto .. también vas a tener que implementar tu "base de datos" (modelo de datos) .. definiendolos, relaciones entre ellos .. etc. Eso es lo primero que habría que hacer y depurar (no sé si ya lo tienes hecho o claro ese tema? ..)
Como veras ..si concretas .. iremos mejor para dar respuestas.
Un saludo,