Si tienes algún problema a nivel de SQL o conexión con tu BD .. no lo veras si no usas "mysql_error()":
Código PHP:
$rs1=mysql_query("select SUM(importe) from control_convenio where ((status_com='1' )) and control='".$reg["control"]."' and cve_agencia='".$agencia."' group by (control) order by control",$bd) or die (mysql_error());
Ahí se supone que veras algún mensaje de error más coherente .. Tampoco está de más hacer un echo a todo ese SQL y ver si está tomando los valores esperados tus variables quedando una sentencia SQL como esperas (para ello mete todo en una variable $sql y la llamas en tu mysql_query($sql) ...)
Un saludo,