Te hice el comentario que file() ya genera un array con tantos elementos como "filas" tenga tu archivo (lease "fila": texto + \n como salto de línea ..)
Por ende ... el "shuffle()" lo aplicarías a lo que resulte de file() que será un array de por sí ..
Código PHP:
$Archivo = "archivo.txt";
$array = file ($Archivo);
shuffle($array);
foreach($array as $elemento){
echo $elemento."<br>";
}
Un saludo,