Bueno amigo creo está bastante claro  tu pregunta.
 
Te sugiero que cuando vas a Enviar los resultados de la lista multiple, debes usar  
 Código PHP:
    <?
foreach($equip as $nombre)
?>    
  El array $nombre tendria los IDEQUIPO de la tabla equipos, bueno en este caso deberías cargar tu lista de la siguiente manera: 
 Código PHP:
    //codigos de cabecera ...  conexion y select BD
$query="select * from equipos order by nomequipo>";
$rs=mysql_query($query);
echo "<SELECT NAME='equip[]' MULTIPLE>";
while($campo=mysql_fetch_array($rs))
{
echo "<OPTION VALUE=$campo['idequipo']>$campo['nomequipo']</OPTION>";
}
echo "</SELECT>"; 
    
  Teniendo esa estructura en tu Lista puedes manejar el IDEQUIPO  directamente desde el ARRAY  sin necesidad de  ir a la TABLA. 
 
  
  
  
Respecto a la tabla INTERMEDIA pienso que podrias crear un campo CHAR(1) que  te indique lo que paso ...  me explico
puedes darle valores como por ejemplo: 
C --> activo
E --> eliminado  ,  etc..  asi tienes  un historico en tu data.
Para que puedas  ver los resultados de $nombre
pon este codigo en la pagina sucesiva cuando envias los datos seleccionados.  
 Código PHP:
    <?
foreach($equip as $nombre)
{
echo $nombre."<BR>";
}
?>    
  Bueno  espero en algo aliviar tu duda.
Salu2