Debes escribir el javascript igual que si haces un html con echo, pero para pasarle los valores al array deberas hacer algo asi.
Código PHP:
<?php
# lo primero es traer los datos de la base de datos y cargalos.
# pensemos que quieres traer los datos del campo valor
$sql = "Select valor from tabla";
$rs = mysql_query($sql,$coneccion);
# escribimos el javascript
echo "<script language=javascript>\n";
# Iniciamos el array sabiendo cuantos registros son los que se cargaran
$sqlC = "Select count(*) as total from tabla";
$RSC = mysql_fetch_array($rc=mysql_query($sqlC,$coneccion));
echo "var Contenido = New Array(".$RSC["total"].");\n";
$i = 0;
while($result=mysql_fetch_array($rs)){
## aqui se escribe el contenido del array
echo "Contenido[".$i."] = ".$result["valor"].";\n";
$i++;
}
# FIn Javascript
echo "</script>";
?>
Espero te sirva,
Saludos,