prueba esto :
Código PHP:
<?
$FechaInicial = '12:35:20';
$FechaFinal = '13:37:29';
$f1=explode(":",$FechaInicial);
$f2=explode(":",$FechaFinal);
$f3=mktime($f2[0]-$f1[0],$f2[1]-$f1[1],$f2[2]-$f1[2],1,1,2005);
print $a['hours'].":".$a['minutes'].":".$a['seconds'];
?>
Salu2 ;)