el que mas recomiendo que aprendas es el 3D Studio Max y lo combinas con Flash Mx 2004, te limporta las animaciones por fotogramas y así combinas las animaciones flash con las 3d, el único problema es que las páginas quedan un poco pesadas. también me gusta usar el Flax para introducir animaciones de letras pequeñas. ej:
www.crisis.rocknica.com
Ejemplo de esta tecnica 3D max Flash.
www.neostream.com