Mysql no usa archivos .sql para guardar los datos. Por el contrario, esos archivos son "texto plano" que se usan para exportar e importar (hacer backups) tus datos.
En este momento no me acuerdo la extension exacta de esos archivos, pero se que estan en una carpeta dentro del directorio donde instalaste mysql que se llama data o algo parecido... seguro que te das cuenta si la ves. Hay varios archivos... se que algunos se usan para "definir" la estructura de la tabla y otros para los "datos" propiamente dichos.
Saludos (vagos como la informacion que te di
D)