Hola wesse:
Creo que lo mejor es que cada carpeta tenga su index, porque es más fácil entrar en las páginas (incluso de forma independiente)
Sobre el resto de sistemas de carpetas, creo que es mejor tener algunas carpetas genéricas para compartir recursos (imágenes, scripts) y que cuelguen de la carpeta raiz...
Aunque supongo que habrá muchas opiniones al respecto.
Saludos
