Así es ..
Una classe en PHP .. como "código" que se ha de ejecutar .. algo hará perder el tiempo a tu script .. Por eso lo mejor es evaluarlo, el tiempo que obtengas va a ser variable pues depende de la carga en ese instante del servidor . .pero más o menos te puedes hacer una idea que tanto hay de diferencia en promédio (toma una muestra de N mediciones y obten su média) entre un sistema y otro.
Pero .. lo principal de usar una classe com "capa de abstracción de tu BD" ofrece normalmente más ventajas a nivel de mantención del código .. a poder cambiar de BD sin cambiar tu código (en el caso que tu classe lo permita .. ) etc.
De hecho .. usar tal vez una "classe" que sólo maneje un RDBMS (ejemplo para sólo Mysql) tal vez no tenga mucho sentido si tu classe no hace otras cosas como por ejemplo centralizar errores, facilitar algunas taréas repetitivas .. etc. Lo que si te va a permitir por ejemplo es hacer consultas a várias BD simultáneamente simplemente instanciando una vez más tu objeto .. cosa que a "funciones simples" es más lio (como para mantener ese código .. hacer cambios ..etc).
Si quieres usar "capas de abstracción de BD" pero te preocupa ese tiempo de proceso lógico y necesario de estas que han de hacer .. puedes usar classes de estas pero en versión "extensión" de PHP siempre y cuando puedas instalarlas en tu servidor .. Algunas de ellas son:
AdoDB
http://adodb.sourceforge.net/
dbx
www.php.net/dbx
Un saludo,