Te sugiero/invito a que hagas uso del buscador del foro. Te paso tan solo dos links que espero te sirvan:
http://www.forosdelweb.com/f18/contador-descargas-php-276386/ http://www.forosdelweb.com/f18/mysql-no-cuenta-clics-287480/
... creo solo faltaría contestar el ¿qué pasaría si se cancela el download a medias?; pués tu contador lo valdrá. Como leerás en los links el contador actúa al pedir el archivo para ser descargado y hasta ahí, no hay forma de saber si dicho archivo fue descargado completamente.
Igual te invito veas las FAQ, hay una acerca de hacer descargas con la opción de RESUME (continuar la descarga).. quizá te intereze.
