Pues .. tienes un sistema "complejo" .. además de un problema "aleatorio?" .. En definitiva .. sin ver -toooooodoooo- el sistema (código) .. datos de ejemplos será poco probable que veamos que pueda suceder... Sé que será mucho código .. y tiempo para el que guste probar el sistema.
El comentario sólo va para que comprendas que para llega a una determinación hacen falta "datos" que en este caso no tenemos.
Yo lo único que puedo recomendarte es usar estructuras de control para intentar detectar errores .. por ejemplo:
Código PHP:
if (mysql_query("INSERT INTO ...........")){
mysql_query("DELETE ....") or die (mysql_error());
} else {
die (mysql_error());
}
Un detalle .. no sé como ejecutas ese código automáticamente a ese horario .. supongo que un Cron Job? .. si es así .. no sé tampóco si haces algún tipo de "log" sobre la ejecución del script .. ya sea por tu código o según uses la llamada del Cron Job para llamar a tu script (un >log.txt o algo así ..)
Pero, .. es importante que "veas" (y generes si corresponde) dicho log .. Por ejemplo los "mysql_error()" que usé son para eso mismo .. para ver si ante un dato concreto se está "rompiendo" la ejecución de tu consulta SQL dando un error de SQL por ejemplo.
También usas un montón de variables .. que tendrías que ver si se obtienen los valores esperados .. si se cumplen las condiciones ... Si usas funciones .. que estén declaradas en la función (parámetro o global) .. etc .. etc ...
En resumen .. no te resuelvo tu problema . .pero si que algunas indicaciones para que "veas" tu mismo tu problema.
Un saludo,