En el onunload body (popup) pon window.opener.location.reload()
para que al momento de cerrarlo se recargue la página desde la cual se abrio.
Código HTML:
<body onunload="window.opener.location.reload()">
o luego de la consulta
Código PHP:
<?
//consulta
?>
<script language="javascript">
window.opener.location.reload();
</script>
<?
//continua PHP
?>