Efectivamente, creo que la mejor opción es por FTP, por lo que en el equipo que "sube" hay que instalar un servidor FTP y en el que "baja" un cliente FTP.
Hay un programilla muy chulo y simple llamado PrivateFTP. Es gratuíto y te ofrece un servidor y un cliente por el mismo precio. Lo tienes en:
http://mecanet.galeon.com/#privateftp
Lo que no se es si reanuda la transferencia si hay problemas de conexión. Pruébalo a ver si te vale y si no, probamos con algo más "sofisticado".