Si, .. SSL se instala en tu servidor HTTP (Apache por ejemplo con su "mod_ssl") .. Eso de por sí "encripta" la comunicación entre cliente-servidor (si tu navegador soporta la el nivel de encriptación que uses: 128 bits es lo común, hoy por hoy todo navegador la acepta así).
Pero .. el SSL no es "suficiente" .. al SSL se le asocia un "certificado" que autentifica que te estás conectando "seguramente" al domino que dices ser y quien eres. Ese Certificado SSL lo puedes generar tu mismo (con el soft adecuado) .. pero para que a su vez sea "válido" y autentificado por algún organismo oficial .. para eso tienes que comprar dicho certificado a una empresa que lo ofrezca certificada como por ejemplo: VeriSign (
http://www.verisign.com/) .. Esto normalmente en un servicio de hosting común te lo gestiona tu servicio de hosting .. tu compras el certificado y ellos te lo asocian a tu domino.tal además de preparar tu sitio para que puedas trabajar con el.
Cara a "PHP" y tus aplicaciones es completamente trasnparente usar SSL o no .. los datos los recibes como siempre y los trabajas como siempre .. Sólo tendrás que ubicar tus scripts/páginas "seguras" bajo cierto servidor virutal o directorio en sí de tu sitio que será al que aplicas SSL (podría ser todo el sitio .. pero no necesáriamente).
Si quieres "investigar" SSL en tu casa con tu PC como servidor .. puedes crear certificados "no autentificados" sin problemas ..
Un saludo,