Se lo cambias a mano con PHP antes de ejecutar tu query (INSERT) a tu BD ...
Con explode() puedes partir tu "cadena" (que es lo que para PHP es tu dato de fecha obtenido por tu rutina que lee ese CSV) y así obtener tu "dia", "mes", "año" de esa fecha .. Luego lo concatenas de la forma que necesita el formato del campo fecha que usas en tu BD .. Es decir dejando algo tipo:
Código PHP:
<?
$fecha_csv="dd/mm/yyyy";
$fecha=explode("/",$fecha_csv);
$fecha_db=$fecha[2]."-".$fecha[1]."-".$fecha[0];
// y $fecha_db a tu INSERT ..
?>
Lo que no sé es como llevas a tu CSV a tu BD .. no sé si usas algún comando de Msyql directo o lees tu archivo línea por línea (registro) y vas creando tu "INSERT" por registro para tu BD .. Para hacer lo que te propongo deberías hacerlo así .. pues es un proceso por médio que debes hacer ..
Un saludo,