con forme a tu nota no tengo pc sino mac y no tengo windows sino mac os x tiger, que por cierto es una chulada de sistema operativo pero bueno....
regresando al tema y a tus preguntas
1.- te das cuenta de los módulos php y mysql bueno en mi experiencia solo si tienes acceso al panel de control de el hosting y encuentras cierta carpeta que en algunos se llama módulos o httpmodules o en fin... para saver con ftp no creo por que te muestra los archivos como public_html o public_ftp pero no muestra los módulos ya que estos se encuentran en directorios internos del servidor que después son asignados a el hosting..
2.-por ftp es posible por que los manda a una dirección que abre si el usuario tiene algún programa de ftp en este caso seria por medio de un botón que los mande a la ventana que abrira el ftp por ejemplo
ftp://usuario:contraseñ[email protected]
si escribes la dirección en tu navegador veras que te abrirá el ftp...
cualquier duda ya sabes y dinos exactamente que es lo que quieras para echarte la mano a darle una solución a tu problema
y si solo quiere que el usuario tenga acceso al servidor, seria cosa de saver exactamente que es lo que quiere que hagan ya comentaste que sacar programas o información esto se podría hacer por medio de una directorio y una pagina ya echa en flash mira si los programas están el el servidor o la información esto quiere decir que pueden entrar por medio de un url cualquiera seria cosa de hacer en primera instancia un panel de control para que el usuario tenga una mayor comodidad en navegar por los contenidos a los que se le dará acceso, puedes hacer un directorio, que reciba los usuarios pero no te escaparas de usar php y mysql para crear esta base de datos...
bueno por el momento y por lo que te entendido mas o menos eso te podría ayudar en tu problema..