Y .. tienes alguna "ligera" idea de lo que necesitarías saber (por encima .. no al detalle) o de lo que hay "por debajo" de un webmail? ..
Es decir .. no sé si conoces que un "webmail" no es más que la "cara" (interface) de un servidor de correo SMTP/POP o IMAP .. Eso lo tienes ya listo? .. lo administras tu (el servidor) o vas a usar los servicios SMTP/POP o IMAP que te presta tu proveedor (de hosting?).
El "webmail" sólo hace que conectarse a tu servidor POP /IMAP para obtener sus correos y al SMTP para enviarlos .. De hecho supongo que has visto ya que mail() (función de PHP) ya envia "e-mails" .. donde? .. por ese servidor SMTP (o MTA "Mail transfer agent" en general: sendmail .. etc). Luego es cosa de administrar usuarios y tener otros médios (una BD por ejemplo) para poder ofrecer sus "mensajes enviados" .. y utilidades simlares.
Es necesario que lo hagas tu desde cero? .. Te lo comento por qué tienes "cientos" de estos ya implementados en sitios como
www.hotscripts.com (no obstante no está de más "saber" como funcionan .. pero de ahí a "reinventar la rueda" ya depende de con que fin quieras hacerlo: "educacional"? .. sólo requieres personalizarlo? ...
Un saludo,