Como no explicas que situación tienes: ¿usas un servicio de hosting? (con cPanel o similar para administrar la creación de sub-dominos?).. o es tu servidor bajo tu control? .. Usas Apache como servidor HTTP? .. poco más se puede ir aclarando.
Sólo te comento como veras en esos mensajes que te paso a dejar el link ... PHP no tiene permisos para hacer ese tipo de cosas .. Por ejemplo como para "reiniciar" el servicio HTTP (cuando se hacen cambios en tu httpd.conf de Apache si es que lo usas) .. Tampoco tiene permisos para "escribir" físicamente en tal httpd.conf que queda fuera del alcance de este ..
Por eso .. si usas un servicio de hostion con cPanel por ejemplo ..lo que se suele hacer es usar los própios scripts de la aplicación cPanel (que si que tienen permisos) llamados desde PHP ..
http://www.forosdelweb.com/f18/crear-subdominios-php-214774/ http://www.forosdelweb.com/f18/crear-subdominios-php-c-228691/
Despues de verlos .. concreta tu caso y vemos que se puede hacer.
Un saludo,
PD: no me enfado ni mucho menos .. pero como sé que otras personas se podría llegar a molestar te hago la acotación para que lo tengas presente.