Que versión de Mysql usas? .. te lo comento por qué en Mysql no hay store procedures por el momento (sólo están previstos par la versión 5.x de Mysql que todavía está en fase Beta).
http://dev.mysql.com/doc/mysql/en/create-procedure.html
Todo se hace a nivel de SQL .. desde PHP tu "ejecutas" tus llamadas a ese SQL concreto vía la misma función que usas para ejecutar un simple "SELECT": mysql_query() ...
Un saludo,