Hola... tal vez se te pasó alguno por ahí y pos eso te daba error.
Nunca nos has indicado los errores concretos que te daba el parser así que difícilmente te podremos ayudar. Deberías postear los mensajes de error completos (hasta con qué número de línea) y también la porción de código de esa línea (y un par de anteriores).
Sí puedes cambiar la configuración del servidor para que pase por el intérprete de php los archivos con extensión .inc o .class... lo que no me parece bien es que cambies la configuración porque no fuiste capaz de ponerles extensión .php a los archivos.
Lo único que conseguirías es quitarle portabilidad a tu código. Si mañana tuvieras que cambiar de servidor o contratar uno, seguramente tendrás muchos problemas y tarde o temprano tendrías que cambiar las extensiones de los archivos.
Yo te recomiendo que vuelvas a intentar cambiar las extensiones y postees aquí los mensajes de error.
Saludos
