Podría servirte esto:
http://www.forosdelweb.com/f18/registros-duplicados-299155/
podrías identificar qué datos están repetidos, guardar una id de dichos datos y hacer algo como
Código:
DETE FROM tabla WHERE campo='dato_repetido' AND id<>'algo'
... así t eborraría todos los registros escepto uno.. el de la id
.
Saludos!
PD: quizá puedas aplicar una subquery.