... primero pedirte de favor ilumines (colorees) tu código... es poco legible así.
... alcanzo a ver que tienes un for dentro del while y un if dentro de ese for... pero ese if encierra a todo, entonces... no le hayo es por qué del for... no encuentro qué haría con todos los otros ciclos en los cueles no cumple el if...
y concretamente no entiendo lo que quieres hacer con todo eso... No le veo sentido el que el name y el value tengan el mismo valor...
y tampoco que in "id" se repita.. usualmente la función de un campo id es para identificar cada registro.. entonces debieran de ser valores únicos....
Contestando a tu pregunta... cuando envias un elemento de un formulario se recoje su valor. Un checkbox que no esté seleccionado el value lo pasará como vacio, entonces por ahí podrías identificarlo... igual puedes manejar una matriz y entonces se pasarían solo los elementos que tengan valor.. osease, los que estén seleccionados.
Puedes ver los siguientes ejemplos que hice:
http://www.forosdelweb.com/f18/como-procesar-todos-checkbox-294560/#post1106164 http://www.forosdelweb.com/f18/no-como-hacer-esto-300811/
Es exactamente el mismo ejemplo pero en uno manejo un arreglo y en otro names independientes... aunque en el segundo caso son campos de texto deberían de funcinar igual con checkboxes... Espero te sirvan...
