Si usas un servicio de hosting que no está bajo tu control .. los "Cron Job" .. o los tienes como una opción más en tu panel de control (cPanel o el que uses) o bien son los Srs. Administradores de tu servidor los que pueden hacerlo.
Si usas un panel de control con opción "Cron Job" .. puedes hacer la llamada a tus scripts (a ese "flags.php") tipo (donde dice "ejecutar comando .. o algo así"):
GET
http://www.tusitio.tal/flags.php >/dev/null
(GET no es el único ni mejor comando para esto .. pero de esa forma no tienes que cambiar absolutamente nada de tu actual "flags.php" .. pues se "simula" una llamada a tu script como si una visita más fuese .. Eso sí .. no es lo más "seguro" .. pero tampoco ejecuta acciones "seguras" dicho script si es que lo ejecutas "a mano" .. habría que protegerlo de alguna otra forma .. )
Y luego ajustar el intervalo de horas/fechas que deseas que se ejecute ..
Un saludo,